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古代时候，除了涌现大量医方外，还有人编著成了系统的本草学著作，其中最的是《本草经》。“本草”二字最早见于《汉书》。《汉书· 郊祀志》曾提到汉成帝建始二年(公元前31年)“诏罢……候神方士使者付佐、本草待诏七十余人皆归家”。这说明“本草”这一名称在公元前一世纪或稍前就已出现了，仅被汉成帝一次召见的本草学家就有七十余人。
顾名思义，“本草”是以植物性药物为主的生药学，但本草书中也还有不少动物性和矿物性的药物。《本草经》就是总结了前代人药物学知识由集体编成的一部系统的专著。它的成书历程持续很长的时间，中间不断地被丰富与增补，最后完成大约是在公元前后一百年间，其中载有药物365种，其中植物药252种，药46种，是现在所知的最早的本草学专著。在《本草经》记录的内容中，矿物药中有铁、石硫黄、汞、代赭石(赤铁矿)、铅丹、消石、石灰、磁石、石胆、蓬砂、矾(樊)石、朴消、云母、紫石英等，在动物性药中有阿胶、麝香、牛黄等，植物性药中有五味子、干漆、附子(含乌头碱)、紫草(含紫染料)等。此书曾一度散佚，现传本是从一些古书中辑录下来的，大体上保持了原书的基本面目。其所以称之为“经”，就是因为它和《内经》一样，是我国医药学的经典著作。在此后的二千多年来，在《本草经》的基础上，先后在我国出现了一百多种本草学著作，形成中国药物学的一股巨流。
《本草经》中对一些元素及其化合物的化学变化和性质作过一些正确的叙述。例如，书中指出“丹砂……能化为汞”，就是说丹砂(HgS)在加热时能分解成汞。又说“水银……主疥瘘痂白秃……杀金银铜锡毒。熔化还原为丹”，说的是汞能和一些金属生成汞齐，当将汞加热后能起缓慢氧化作用生成氧化汞。这里提到用水银治疗疥疮，是个有价值的临床经验，比其他国家都早。书中还提到“空青……能化铜铁(铅)锡作金”，“曾青……能化金铜”，“石胆……能化铁为铜”，这都讲的是化学上的置换反应。石胆、空青、曾青这些铜盐溶液遇铁后，能发生置换，产生出金属铜。后来的水法冶金技术就是在这个基础上发展起来的。
《本草经》的这些记载，与西汉的《淮南万毕术》有关“曾青得铁则化为铜”之说相符。在两千年前就有这样的记载，是世界上少见的。又如书中还指出“朴消……能化七十二种石”。按朴消在较高温度下确能熔融很多硅酸盐岩石，故有“能化七十二种石”之说。此外，书中还提到“葡萄……能作酒”，这是我国酿造葡萄酒的一条重要史料。显然，《本草经》里的这些化学知识，是与当时手工业生产和自然科学的发展有密切关系的。
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