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如何将rnaseq的数据提交到ncbi中geo

更新:02-16 整理:39baobao.com
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[将乡土资源纳入到各个领域教育活动中]作为一所乡镇中心幼儿园,如何在幼儿一日生活中体现让生活来教育,为生活而教育的理念,深入践行陶行知教育思想,我们从环境创设入手,将乡土资源纳入到教育活动中,在各个领域大放异彩...+阅读

其实很简单,

1.首先建立一个meta file,即包含实验信息的文件

2.将测序的fastq(*.fq或*.fastq)文件准备好,此为原始数据(必须)。

3.将每个fastq文件处理后(去接头,合并相同序列)的序列整理为SEQ

COUNT两列的文件即可,此为处理后数据(应该也是必须)

4.将这些文件压缩为文件包(zip或RAR),命名为:账户名(你的GEO账户名).rar

5.上传至ftp://geo:D0gDAzr0vaftp-private.ncbi.nih.gov/fasp,因为文件较大,推荐使用flashXP;除非网络好,超快。

6.写一份邮件给GEO的网管:geoncbi.nlm.nih.gov,说明你的数据已经上传,让其尽快发布,

我写的例子:

Dear

Sir,

We would like to submit our Illumina Genome Analyzer results to your GEO

web site.

We have upload our data file zmyang_files.rar to ftp://geo:D0gDAzr0vaftp-private.ncbi.nih.gov/fasp under the

GEO account user name xxx.

xxx.rar includes:

Illumina meta file:

GEO_Illumina_metadata.xls

processed data

files:

x.txt

y.txt

z.txt

raw data files in fastq

format:

x.fq

y.fq

z.fq

We want to release our data ASAP.

Thanks.

该流程我已重复n次,亲自手写流程,保证可靠。

实际该流程在GEO网站是有个大概的,但是所言含糊,需分析逻辑而后得其详。 转载

本文地址:https://www.39baobao.com/show/31_115725.html

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