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传染病是指由病原微生物，如朊毒体、病毒、衣原体、立克次体、支原体、细菌、真菌、螺旋体和寄生虫，如原虫、蠕虫、医学昆虫感染人体后产生的有传染性、在一定条件下可造成流行的疾病，如流感和严重急性呼吸综合征（SARS）。传染病和感染性疾病的共同点都是由病原体引起的感染，传染病是感染性疾病的一种特殊类型；感染性疾病不仅包括了传染病，还包括许多非传染性的感染性疾病，如腹腔感染、呼吸机相关性肺炎、感染性心内膜炎等。
尤其近年来，多重耐药菌引起的感染如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）、耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（CRE）等，在临床上逐渐发展为难治性疾病，成为临床诊疗工作的巨大挑战。随着感染性疾病谱的变化，“感染性疾病科”已逐步取代了“传染病科”。早期的传染病科经过典型的三个时段发展到今天的“感染性疾病科3.0版”。“感染性疾病科1.0版”即传统意义上的“传染病科”，主要收治流行性脑脊髓膜炎、流行性乙型脑炎、伤寒、麻疹、病毒性肝炎等传染病；“感染性疾病科2.0版”即根据2004年卫生部《关于二级以上综合医院感染性疾病科建设的通知》要求，将SARS期间建立起来的发热门诊、肠道门诊、呼吸道门诊和传染病科统一整合为感染性疾病科；随着多重耐药菌的不断增加，耐药菌造成的死亡率呈现快速上升趋势，建立能适应感染性疾病谱的变化和与国际趋势接轨的专业科室、培养拥有细菌真菌感染和抗菌药物应用知识和能力的专业人才势在必行。
国家卫生和计划生育委员会于2016年发布了《关于提高二级以上综合医院细菌真菌感染诊疗能力的通知》（以下简称《通知》），该《通知》对抗菌药物合理使用乃至感染性疾病学科的发展都将起到积极作用，在此背景下，“感染性疾病科3.0版”应运而生。
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