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小儿肥胖是脂肪细胞数量和体积的增加，脂肪细胞数增加主要发生在胎儿期、出生后一年内及青春发育期，小儿所摄入的能量增高时脂肪细胞数会明显增加。
但引起小儿肥胖的原因是多方面的，其主要因素有：
（一）遗传因素
小儿肥胖具有家族遗传倾向，据报道，父母双亲体重正常，其子女肥胖的发生率只为8%～10%。双亲中一人肥胖，子女肥胖的发生率约为40%。如果仅仅是母亲一方胖，那么，他们孩子的肥胖发生率为50%～60%，其中女孩为75%。如双亲均肥胖，子女肥胖的发生率可高达70%～80%，其中女孩可达90%～95%，男孩为70%～75%。母亲肥胖，子女中容貌像母亲者往往肥胖，父亲肥胖，子女中酷似父亲的也往往肥胖。
双胞胎小儿在不同的环境中其肥胖也非常相似。有学者用来研究这些双胞胎与其他兄弟姐妹，以及与更远的亲属的关系，以评价遗传因素对肥胖的影响。Stunkard用体块指数作为肥胖的指标，比较美国科学院的双胞胎记录中的1974对男性单卵双胞胎和2097对男性双卵双胞胎。结果发现单卵双胞胎比双卵双胞胎的体重更相似，肥胖的遗传性计算也表明，体块指数差异中的2/3应归因于遗传因素。
有学者用领养的或双胞胎小儿进行的研究来区分环境因素与遗传因素的作用，在丹麦领养记录中的800名被领养者中，表明他们与养父母的体块指数之间没有相关性。而亲生父母的体块指数与其子女的体重增长有直接关系。这些数据都表明遗传因素在发生肥胖的危险中起重要作用。
另外，许多与体重调节有关的神经内分泌因素是由基因决定的，动物研究显示许多基因与肥胖相关，目前至少已发现有6种单基因突变可引起鼠肥胖发生。它们是agouti基因、ob基因、db基因、tub基因、fat基因、ad基因，其中有两个基因的研究较多，即ob基因与db基因，但是，这种基因变异在肥胖个体中很少发生。因此，基因的变异可能不是导致肥胖的决定性因素。有学者提出，基因提示肥胖的易感性，但在基因的基础上可能还有其他的作用因素如环境因素的作用在导致肥胖。
（二）环境因素
目前已证实，在环境因素中，小儿的饮食与生活行为方式是肥胖的主要原因。因为随着社会经济的发展，人们更容易获得各种食物，加上生活变得更方便、更可随心所欲，所以导致人们摄入的能量增加，而所消耗的能量减少，因而导致肥胖。
小儿胎儿期是脂肪细胞数增长最快的时期，如果孕期母亲摄入过多或发生其他妊娠期病理，就很容易导致巨大儿出生。现今，人们越来越重视孕期的保健营养，很多孕妇认为孕期营养将影响小儿的将来，于是，孕期无节制地饮食，加上现在大多数孕妇很少活动，甚至从怀孕开始就不上班，休息在家，活动量小，这样就在整个孕期结束时，不仅自己吃得很胖，胎儿也由于过度营养长得又大又胖。
同时，在传统观念中，家长一直认为小儿胖是健康的标志。因此，家长从小儿一出世就会想尽各种方法让小儿多吃，造成不恰当的喂养方式，如过度喂养或以喂食作为安抚婴儿的手段，只要婴儿一哭就给其喂食，不管婴儿是否真的饿了，长此以往便使小儿养成过多饮食的习惯。还有，有些家长在小儿婴儿期过早添加固体食物，尤其是人工喂养的小儿往往过早、过多地喂食米、面等碳水化合物，或有些家长在冲调奶粉时浓度过高，这也是不合理的，以上种种不良的喂养习惯都将导致婴儿肥胖。而且这种肥胖的趋势将延续至成人，因为，婴儿期体内脂肪细胞数仍可由于过度营养而继续增加；
其次，不良的进食习惯，如小儿常有睡前吃夜点心的习惯，以及吃甜食、吃含能量较高的快餐及饮含糖的饮料等，这也是不好的。因为物质生活水平的进步不仅给人们带来了生活的便利，也使人们更容易随心所欲地暴饮暴食，尤其是儿童，不懂得怎样健康饮食，更不懂得节制，只要没有家长的限制就会很容易失去控制，天长日久，造成脂肪不断堆积而导致肥胖。
此外，不良的生活方式，如肥胖小儿普遍存在运动量小，减少了体育锻炼的时间，以及有些家庭中父母长辈都喜欢吃含糖、脂肪高的食物，或喜爱油炸食品，喜食猪肉、鸡、面食等含高能量的食物，这也会造成孩子肥胖。
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