自然辨证法在科学技术的具体学科和马克思主义哲学的普遍原理之间，是处于一种中间的位置.正是由于自然辩证法自身特殊的位置，与其他哲学相比，它和自然科学的关系更值得研究.自然辩证法与自然科学有一定的区别，但更有紧密的联系，这涉及到学科门类的层次结构问题.对于一门实际的科学门类，研究内容实际上可以分为几个层次.这有许多划分方法.我国著名的科学家钱学森是把一个学科类别分为四个层次：最高的一个层次是哲学层次，第二层是科学层次，第三层是技术层次，最后一层是具体的应用层次.哲学层次研究的内容与自然科学不尽相同.计算机同时也是自然界的一个事物，它的计算过程是类似人脑的，计算机能不能思维，是不是会有意识，未来会是什么样子？这个问题就是哲学层次的问题.而自然科学的计算机科学与技术专业，主要研究就是在科学层次和技术层次，主要是在比如图灵机原理这些问题.可以看出，自然辩证法研究的问题比自然科学层次更高一些，研究一些比较宏观的问题；自然科学研究一些理论、比较精确的定理，以及设计实际的机器设备.但是，两者研究的问题显然有着紧密的联系，是一般和特殊的关系.计算机从本质上讲是人的思维规律和机器相结合的产物，那么对思维规律的研究和对机器的研究是不可分割的.1998年图灵奖的获得者提出了计算机领域当前研究的12个重大问题，里面有一些科技问题，也有哲学层次也就是自然辩证法的问题.也就说明，在科学研究这个领域，自然辩证法和自然科学是密不可分的.
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