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病理性黄疸问题就更加复杂了，治疗上也颇为棘手。以下数点是诊断病理非生理性黄疸的参考：
①黄疸出现在出生24个小时之内。
②胆红素浓度每天上升幅度超过5mg/100ml
③足月儿血中胆红素浓度超过12mg/100ml或早产儿超过15mg/100ml。
④血中结合型胆红素超过1.5mg/100ml。
⑤黄疸持续时间过长（足月儿超过1个星期，早产儿超过2个星期。）亦即当有上述现象时，应进一步探查黄疸原因，而不要单纯以生理性黄疸来解释，以免延误治疗时机。
病理性黄疸形成原因，病理性黄疸，原因大致如下：
（一）解剖学异常
1．肝脏外
①胆道闭锁；②胆道发育不全；③胆道狭窄；④胰胆管接合处异常；⑤自发性胆道穿孔；⑥输胆管囊肿；⑦胆汁或粘液塞块。
2．肝脏内
①原发性新生儿肝炎。
②持续性肝内胆汁滞留：
（A）Alagille氏症候群；
（B）Byler氏病；
（C）Zellweger氏症候群；
（D）Trihydroxyco-prost anicacidemia；
（E）小胆管缺乏。
③复发性肝内胆汁滞留：
（A）家族型良性复发性胆汁滞留；
（B）遗传型胆汁滞留；
（C）遗传型胆汁滞留并发淋巴水肿。
④先天性肝纤维化。
⑤Caroli氏病（肝内胆管囊状扩张）。
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