[如何随机生成序列例如09生成随机的序列3 5 1 6 8 4 7 0 2搜狗问]这么写就可以了 private void button1_Click(object sender, EventArgs e) { List<int> arrList = new List<int>(); string str = ＂＂; for (int i = 0; i < 10; i++) { arrLi...+阅读
你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因（ortholog）然后再做进化树那种吧。进行多序列比对有许多软件都可以做到，DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequence alignment。给你推荐一些软件，一个是clustalx，一个是MEGA，这两个软件都可以进行蛋白多序列比对，而后者我认为更强大些，还可以进行进化树分析。把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中
（一般做同源分析都是用蛋白质序列）。然后用软件进行比对就可以了，结果可以输出为多种形式，比如fasta或者其它格式，软件用法我这里也不多讲了，必须看专用的手册。如果还有不明白就发信息给我
序列比对的基本原则是什么
序列比对[1] 是生物信息学[2] 的基本组成和重要基础。序列比对的基本思想是，基于生物学中序列决定结构，结构决定功能的普遍规律，将核酸序列和蛋白质一级结构上的序列都看成由基本字符组成的字符串，检测序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。
序列比对的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。在残基-残基比对中，可以明显看到序列中某些氨基酸残基比其它位置上的残基更保守，这些信息揭示了这些保守位点上的残基对蛋白质的结构和功能是至关重要的，例如它们可能是酶的活性位点残基，形成二硫键的半胱氨酸残基，与配体结合部位的残基，与金属离子结合的残基，形成特定结构motif的残基等等。但并不是所有保守的残基都一定是结构功能重要的，可能它们只是由于历史的原因被保留下来，而不是由于进化压力而保留下来。因此，如果两个序列有显著的保守性，要确定二者具有共同的进化历史，进而认为二者有近似的结构和功能还需要更多实验和信息的支持。通过大量实验和序列比对的分析，一般认为蛋白质的结构和功能比序列具有更大的保守性，因此粗略的说，如果序列之间的相似性超过30%，它们就很可能是同源的。
值得注意的是，在分子生物学中，DNA或蛋白质的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是结构的相似，也可能是功能的相似。一级结构序列相似的分子在高级结构和功能上并不必然有相似性，反之，序列不相似的分子，可能折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能。一般的序列比对主要是针对一级结构序列上的比较。
如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因
如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因
1、把EST用BLAT比对到基因组序列上，挑最好的match。
2、下载同版本的基因组注释文件。
3、 比较1和2中的基因组位置关系，并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条，其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA，当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有tiling-array data。另外要注意非编码RNA和它可能有关的基因一起分析，比如附近基因，或者互补的基因。做芯片一般不去找表达或非表达，而往往是在找差异表达。比如某非编码RNA和它附近的基因共同在肿瘤细胞中特异表达。
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