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引发子宫内膜异位的原因至今未有明确答案。一般认为是异位种植所引起，也有认为是体腔上皮分化、遗传、免疫调节异常和炎症等因素造成的。
1、异位种植
女性来月经时，子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并在该处继续生长、蔓延，形成盆腔内异症。子宫内膜也可以通过淋巴及静脉向远处播散，发生异位种植。临床上所见远离盆腔的器官，如肺、四肢皮肤、肌肉等发生子宫内膜异位症，可能就是内膜通过血液循环和淋巴播散的结果。
2、遗传因素
子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性，某些患者的发病可能与遗传有关。子宫内膜异位症患者的母亲及姐妹的发病风险是无家族史者的7倍。
3、免疫与炎症因素
免疫调节异常对于子宫内膜异位症的发生、发展各环节起重要作用，表现为免疫监视功能、免疫杀伤细胞的细胞毒作用减弱而不能有效清除异位的子宫内膜。子宫内膜异位症与某些炎症如腹膜炎有关，表现为腹腔液中巨噬细胞、炎性细胞因子、生长因子、促血管生成物质增加，从而促进异位内膜存活、增殖并导致局部纤维增生、粘连。
4、其它因素
环境因素也有可能提高子宫内膜异位症发病率，研究发现二噁英会提高女性患内异症的风险。血管生成因素也可能导致子宫内膜异位症的发生，腹腔液中血管生长因子增多，可导致盆腔微血管生长增加，引发子宫内膜异位症。此外，异位内膜细胞凋亡减少也可能与疾病进程有关。
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